Die biologische Vielfalt bildet die Grundlage allen Lebens. In Deutschland gibt es etwa 70.000 verschiedene Tiere, Pflanzen und Mikroorganismen – doch gut zehn Prozent davon gelten bereits als gefährdet oder sind sogar vom Aussterben bedroht. Tendenz steigend. Der Klimawandel, die stetig voranschreitende Zersiedlung sowie die Intensivierung der Landwirtschaft vernichten die Lebensräume vieler Organismen. Daher trägt der Bayerische Wald zum Schutz und Erhalt der Artenvielfalt bei – er ist der erste und damit älteste Nationalpark in Deutschland und feiert kommendes Jahr sein 50-jähriges Bestehen.
Das Motto „Natur Natur sein lassen“ wird im Nationalpark Bayerischer Wald durch Wälder, Moore und ehemals bewirtschaftete Waldweiden authentisch gelebt, die natürliche Walddynamik gibt bedrohten Pflanzen und Tieren Schutz und Raum, sich hier wieder anzusiedeln.
Luchs
Der Luchs, die größte Katze Europas, findet im Bayerischen Wald optimale Bedingungen, denn der Nationalpark bietet der Raubkatze große Wald-Streifgebiete mit genügend Beutetierangebot. Die heutige Population des bis zu 25 Kilogramm schweren Einzelgängers basiert auf einem Wiederansiedlungsprojekt der 80er Jahre im tschechischen Teil des Böhmerwaldes. Um die Gebiete für den Luchs besonders attraktiv zu gestalten, wurde zum Beispiel die menschliche Jagd auf Rehe im Nationalpark flächendeckend eingestellt. Auf die Jagd geht die Wildkatze als Ansitz- und Pirschjäger, der den „Überraschungsmoment“ nutzt. Er greift nie zweimal hintereinander am selben Ort an, um zu verhindern, dass die Beute auf seine Anwesenheit durch erhöhte Alarmbereitschaft reagieren kann. Daher sind große, ungestörte Jagdgebiete für den Luchs besonders wichtig.
Auerhuhn
Das Auerhuhn gilt als „Leitart” für den Artenschutz im Waldgebirge des bayerischen Nationalparks, denn der Schutz des Auerhuhns erfasst gleichzeitig auch die typischen Pilze, Pflanzen und Tiere, die denselben Lebensraum nutzen. Der etwa gänsegroße „Urhahn“ zählt zur ursprünglichen Tierwelt des Böhmerwald-Massivs. Auf der Roten Liste der gefährdeten Tiere Bayerns und Deutschlands musste er in die „vom Aussterben bedrohten Tiere˝ eingereiht werden. Zum Schutz und Erhalt des größten flugfähigen Waldvogels Europas wurden im Nationalpark sowie den angrenzenden Lebensräumen am Arber und Dreisessel extra Schutzzonen ausgewiesen, auf denen Wanderer die markierten Wege nicht verlassen dürfen.
Habichtskauz
Europas zweitgrößte Eule, der Habichtskauz, ist das bislang erfolgreichste Auswilderungsprojekt des Nationalparks Bayerischer Wald. Begonnen wurde mit dem Auswilderungsprojekt in den 70er Jahren. Der Habichtskauz brütet natürlicherweise in großen, abgebrochenen Totholzstümpfen und hat hohe Ansprüche an seine Nistplätze, deshalb stellten sich erste kleine Erfolge nur mit Hilfe von künstlichen Nistkästen ein. Die erste Freilandbrut wurde allerdings erst 2007 im Nationalpark beobachtet. Grund dafür: Durch die Philosophie „Natur Natur sein lassen“, sind mittlerweile wieder vermehrt geeignete Totholzstümpfe vorhanden.
Zitronengelbe Tramete
Die Zitronengelbe Tramete, ein echter Urwaldpilz, zählt zur Gattung der Baumpilze. Voraussetzung für die Verbreitung des hellgelben Pilzes sind Wälder mit einem sehr hohen Totholz-Anteil, denn nur dort findet der Pilz den nötigen Lebensraum. Lange Zeit war diese extrem seltene Art deutschlandweit nur im Nationalpark Bayerischer Wald zu finden. Im Bayerwald ist inzwischen dank des großflächigen Prozessschutzes wieder eine Ausbreitung der Zitronengelben Tramete zu beobachten.
Sonnentau
Bei der fleischfressenden Pflanze Sonnentau stehen auch Insekten auf dem Speiseplan. Die rötlich schimmernde Pflanze ist ein wahrer Überlebenskünstler, der sich an die extremen Standortbedingungen in Mooren und Heiden angepasst hat. Wachsen kann die Pflanze allerdings nur auf dem Boden von intakten Torfmoosteppichen, allerdings wurden diese in Deutschland großflächig zerstört. Im Nationalpark Bayerischer Wald hingegen gibt es größere intakte Moorflächen wie zum Beispiel die Hochmoore Zwieselter Filz und Latschenfilz, dort kann die Pflanze nun ungestört kleine Insekten mit Hilfe von Klebefäden fangen.
Luchs 
